Pada tahun 2002 berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Bali Nomor 3 Tahun 2002 yang disahkan pada tanggal 28 Februari 2001, tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah termasuk pelembagaan Badan Pelayanan Khusus Rumah Sakit Indera Provinsi Bali, dilakukan penggabungan antara UPTD RS Kusta dengan UPTD BKMM menjadi Badan Pelayanan Khusus Rumah Sakit Indera Provinsi Bali.

Berdasarkan PP No 41 Tahun 2007, tentang Organisasi Perangkat Daerah dan Perda No. 2 Tahun 2008, tanggal 8 Juli 2008, tentang Organisasi dan Tata Kerja Perangkat Daerah Provinsi Bali status kelembagaan berubah menjadi ”Rumah Sakit Indera Provinsi Bali”.
Berdasarkan SK Menkes No. 456/Menkes/SK/V/2008, tanggal 9 Mei 2008, RS Indera adalah Rumah Sakit Khusus Kelas A.